结合司法实践特许经营纠纷产生的原因，目前普遍原因在于特许经营合同的不规范性，主要表现为：

1、特许人不具备开展特许经营的资质。《条例》规定特许人应当拥有成熟的经营模式，具备为特许人持续提供经营指导、技术支持和业务培训的能力，并应当拥有至少2个直营店且经营时间超过1年。部分特许人不具备上述经营资质，但仍开展特许经营活动。另外，《条例》规定特许人应当在特许经营合同成立后15日内向商务主管部门备案，但大部分特许人未将合同提交备案，逃避了行政主管部门的监管。

2、合同内容不规范。特许经营合同通常系特许人制作的格式合同，虽条文繁多，但多为约束被特许人的条款，详尽规定被特许人的各项义务，而对特许人的义务及其履行方式、违约责任等则往往语焉不详，缺乏确定性、操作性。《条例》规定特许人负有向被特许人披露其经营的基本情况等多项信息的义务，但几乎没有一个特许人能够严格按照《条例》的规定在签订合同前真实、准确、完整地履行信息披露义务。由于信息不对称，被特许人承担了极大的商业风险。《条例》规定特许经营合同约定的特许经营期限应当不少于3年，并应当在合同中约定被特许人可以在合同订立后的一定期限内单方解除合同，但不少合同的期限少于3年，几乎没有一份合同约定被特许人享有单方解除权。

3、合同履行不规范。特许人普遍不严格履行合同义务。大部分特许人怠于履行对被特许人持续的经营指导、技术支持及业务培训等义务;有的特许人在收费后甚至对被特许人不闻不问，连最基本的经营操作手册都不予提供。被特许人也存在违反合同约定的行为。有的被特许人不向特许人提供真实的销售额，以规避合同约定的按经营业绩的一定比例上交的管理费;有的被特许人未按合同约定的渠道购买原材料，未严格按照特许人统一的经营模式开展经营活动等。

除了上述存在的不规范性因素外，纠纷的直接原因在于经营达不到预期收益效果。 被特许人加盟店经营状况不佳。被特许经营人多为个人投资者，市场分析能力不强、风险抵御能力较弱，很多纠纷源于加盟店经营状况达不到预期，被特许经营人起诉要求解除特许经营合同。

另外，导致被特许人经营困难的深层次的原因往往是因为特许经营项目不成熟，特许人的品牌、技术等经营资源不具有市场竞争力等因素。