由于连锁经营企业的经营方式不同，其核算方式也不相同。依照连锁经营企业经营规模和经营范围的不同，分独立核算和非独立核算两种方式。

1、 独立核算方式

指总部实行独立的，部分统一的会计核算，基层店实行相对独立的会计核算。在这种核算方式下，总部和基层店都应设立独立的会计机构。总部通过投资活动与基层店形成各自的经济关系，总部的投资额计入“长期股权投资”科目，基层店收到投资增加“实收资本”科目。总部对经营所需商品实行集中统一采购，按需要为下属基层店统一配送商品。按内部商品价格进行结算，并按配送额开具增值税专用发票(一般纳税人)或普通发票。基层店凭发票增加库存，按独立会计进行核算，月未计算并结转当期经营成果，编制财务会计报告，将当期实现的利润上缴总部。总部收到基层店上报的利润和财务会计报告后，编制合并会计报表。

2、 非独立核算方式

非独立核算方式是指总部实行独立的、统一的会计核算，基层店不单独进行会计核算，经营中发生的各项经营费用，均向总部报账核销。在这种会计核算方式下，总部会计机构应对各基层店的经营过程实行内部会计核算，以考核其经营成果，确定其劳动报酬，根据经营需要为各基层店建立定额备用金制度，基层店实行报账制，不设会计机构只设一核算员，可以设置部分辅助会计账薄，负责上缴经营收入，核算本部门的经营费用，发放人员工资，保管本部门使用的备用金等。总部拥有本企业的全部经济资源或控制权，总部对经营所需商品实行集中统一采购，按下属基层店经营需要统一配送，库存商品的实物转移时，只对其明细科目进行调整。基层店开展经营活动取得收入，全部上缴总部。总部编制个别会计报表。

在实际操作中，各连锁店经营企业往往根据自身情况，综合采取以上两种核算方式。