经营手册是特许经营制度的概括和总结，其内容一般包括：特许经营的know-how、产品的配方、公式、生产管理的操作程序、广告宣传的内容及要求、记账方法、质量控制、仓库保管、雇员条件、服务及标准、店堂陈设等。这些内容是整个特许经营体系的核心，因而要求受许人必须严格按照经营手册来经营特许业务，这个要求必须体现在特许经营合同中，使其成为受许人的一项重要义务。

而经营手册也是特许人的“特性”，是特许人的机密材料，因而特许人得借助特许合同对受许人提出严格的保密要求：要求受许人妥善保管经营手册，未经同意不得翻印、复制、录音或将内容泄露给其他人，更不得遗失;受许人的雇员只应了解、掌握属于其工作范围的那一部分内容;双方合同关系终止时，受许人应交还经营手册;在整个特许经营过程中，受许人只对经营手册有占有、使用的权利，而不拥有所有权。

在特许经营合同中，特许人一定还会坚持一项权利，即在合同期间，特许人有权对特许经营制度进行修改，也就是对经营手册进行修改，修改之后受许人必须遵守;与此同时，受许人也可以在合同中提出，在特许期间，特许人有义务根据市场和技术的发展变化，及时修改经营手册的内容，以适应新的市场需要，提高经营效益。