相对于单店运营管理系统设计，总部运营管理系统设计最大的特点就是前者是一种相对静态的设计，而后者是一种动态设计。

单店运营管理系统是特许权要素之一，被授予n个加盟商来使用和复制，基本上是一种不随时间变化而变化，也不随加盟商所在地域不同而变化的标准化的、相对静态的设计。

而总部运营管理系统的重要功能之一就是体系的推广，是市场的开拓(sales)。随着体系规模的不断扩大(加盟商数量和单店数量的不断增多以及地域分布的不断扩张)总部运营管理系统也会在时间和空间两个维度上不断变化的，进一步讲总部运营管理系统的设计应当反映一个特许经营体系下一个年度的发展变化。

其次，总部的运营管理系统并不是孤立存在的，它是在一个更大的系统内即特定行业内或一个商业生态系统中运作的。因此在设计总部运营管理系统时，还必须考虑到行业内或商业生态系统中各种竞争力量和参与者对总部运营管理系统的影响。

由此看来，总部运营管理系统的设计也就是结合特许经营总体发展规划制定下一年度总部经营计划。