通过特许经营备案的好处：

1、特许经营备案后，企业的招商加盟资格将在中国商务部特许经营信息管理系统公示，对企业招商能起到很好的宣传作用。

2、通过特许经营备案的特许经营企业比没有通过特许经营备案的竞争对手有更好的品牌形象。

3、避免商务部门对未备案特许经营企业高达10万的罚款，避免与加盟商发生纠纷时产生的不利法律后果(例如退还加盟费、赔偿加盟商损失等)。

不进行特许经营备案的风险：

1、被罚款的风险，《商业特许经营管理条例》第二十五条规定：特许人未依照本条例第八条的规定向商务主管部门备案的，由商务主管部门责令限期备案，处1万元以上5万元以下的罚款;逾期仍不备案的，处5万元以上10万元以下的罚款，并予以公告。

2、若与加盟商发生纠纷时，没有备案的特许经营企业将处于不利地位，可能会承担对加盟商的赔偿责任。