特许经营法律关系通常是以合同的形式成立的，且双方的权利义务也都是通过特许经营合同来确定的，因此特许经营合同在特许经营中起着关键性的作用。其具有以下三个特征：

(1)特许经营合同具有双务有偿性

特许经营合同中约定了合同双方的权利义务，一方当事人将其拥有的商标、企业标识、经营模式等经营资源许可另一方当事人使用，而另一方当事人要按照合同约定在统一经营模式下开展经营，并向特许人支付一定额度的对价，他们互负对待给付义务。且双务合同中的同时履行抗辩权、不安抗辩权等同样适用于特许经营合同，因此可以认为特许经营合同是一种双务有偿合同。

(2)特许经营合同效力具有继续性

特许经营合同并非一次给付即可完结，按照特许经营合同的相关规定，特许人要给被特许人提供经营指导、技术支持和业务培训等服务，这些都是长期和延续性的服务。《条例》第13条规定，除被特许人同意的情况，特许经营合同约定的特许经营期限应当不少于3年，但是特许人和被特许人续签特许经营合同的，不受上述条件限制。

如果双方不约定期限，而被特许人又持续地支付特许经营费，就可以视为合同关系无止境地延续而不消灭。从这些特征看来，特许经营合同就是继续性合同。其与一时性合同的区别在于两方面：一是继续性合同在合同无效或撤销时不具有溯及既往的效力，当事人主张无效或撤销前的法律关系并不受影响;二是合同解除权产生的原因不同，继续性合同依赖于一定的信赖基础，当信赖基础丧失时，合同一方当事人可以解除合同，因而此类合同可以因为情势变更而解除。

(3)特许经营合同具有双方地位不对等性

特许经营合同双方地位的不对等性并不代表合同是由不平等主体签订的，与一般的合同无异，特许经营合同也是平等民事主体之间签订的协议。

但是，特许经营人是商标、专利和专有资源等经营资源的所有人，且绝对性地掌握具有商业秘密性质的经营模式，通常具有比较强的经济实力，而被特许人通常只能通过特许人的描述来对特许人进行了解。这种信息的不对称性使得特许人与被特许人之间的法律地位不平等，被特许人很可能会由于信息的掌握度不够而受到权益侵害，因此法律会向被特许人倾斜，如《条例》中专门规定了特许人有信息披露的义务。