特许经营是美国零售业连锁经营上发展起来的一项独特的营销方式，商事代理也是一种营销方式，这就决定了二者的相似之处，但区别也是明显的：

(1)法律后果的归属不同。在特许经营法律关系中，特许者、被特许者是二个独立的民事主体、经营主体，被特许者在其营业过程中产生的任何法律后果由其自己承受，与特许者无关，从特许经营的实践来看，双方会在特许经营合同中明确约定，被特许者不是特许者的代理人;而在商事代理关系中，商事代理产生的法律后果是由委托商号承受的，与代理商无关。

(2)法律关系客体不同。在特许经营法律关系中，其客体就是特许权，是一种组合式的知识产权。特许权内容为：一是为特许者所拥有的知识产权，被特许者基于特许因此而有使用权;二是特许者对被特许者在特许营业中提供初始服务，持续服务的义务。而商事代理关系中，其客体为代理商的代理行为，它不涉及买卖关系和知识产权的许可使用问题。

(3)支付报酬的方向不同。在特许经营中，被特许者取得了特许者的特许权，故应向特许者支付相应的费用;而在商事代理中，代理商向委托商号提供了代理服务，因此而由委托商号向代理商支付一定的佣金作为报酬。