目前，国内的特许经营纠纷表现为以下几种类型：

其一是合同纠纷。主要是合同条款不完善，一方出现违约行为或双方都出现违约行为引起的。

其二为商标侵权纠纷。这类纠纷又分为无意侵权和故意侵权。目前我国商标专用权管理和企业名称权管理分属于商标局和各级各地工商局，而两者之间又缺乏衔接，这很有可能造成地处不同城市、地区的某一商家所使用商标与另一商家的名称产生重合。虽是无意行为，侵权方仍需承担侵权责任。而故意侵权则是“搭名牌顺风车”(又称搭便车)的侵权行为。

其三则是不正当竞争纠纷和因第三方原因引起的纠纷。不正当竞争纠纷主要出现在特许经营合同解除之后，很多加盟者在特许经营合同期满后，仍继续从事与特许者相同的行业，从而形成不正当竞争。另一种竞争则是特许企业的员工在离职后，用在特许企业掌握到的一些商业秘密和专业技术，从事与特许经营企业有竞争性的行业。而第三方原因引起的纠纷在餐饮业出现频率较高，例如：快餐加盟店因食品质量问题与消费者发生纠纷，消费者往往会忽略加盟者这个法律主体的存在，而直接与特许者进行交涉。