特许经营的法律基础是特许协议，特许人与受许人，或者特许人与区域特许人、区域特许人与分受许人之间均通过契约关系联系在一起，通过双方达成的协议实现经济利益。因此，从特许经营内部法律关系上讲，可以确认特许经营法律关系实质上是独立的民事主体之间的合同法律关系。

特许经营法律关系的契约性质也是特许经营在法律上区别于类似其他概念的突出特点。比如特许连锁与直营连锁、自由连锁的区别就在于，特许人与受许人之间的关系是合同双方之间的关系，双方通过合同明确相互的权利与义务，而直营连锁一般属于总公司与所属分支机构之间通过管理制度进行调整的内部关系。

而自由连锁主要为各连锁机构之间基于一定的协作关系而松散联合的一种连锁形式，没有特许连锁这样以严格的合同权利义务进行约束之特征。对于特许经营法律关系性质，早期有被认为特许经营基本法律关系体现了总部与分部之间因权利授予或转让产生的代理法律关系，但随着特许经营理论与实务的发展，这种观点基本被否定。