商业秘密是特许人通过长期而获得管理技术、经营诀窍、未申请专利的专有技术、产品配方以及长期以来积累的客户名单等，它是特许人赖以开展特许经营业务的基石，故理应受到法律的保护。但与专利权相比，商业秘密保护的方法有所不同。考虑到特许经营独特的授权使用商业秘密的特点，考察各国的司法实践可以发现，目前各国主要是通过合同法、侵权法、反不正当竞争法和刑事法律对特许人的商业秘密进行间接保护。

1.合同法上的保护

对于这一点，在本章第一节中已经详细地论述了特许经营协议中的商业秘密保护条款的相关内容，这里就不再赘述。这里只是想指出的是，在特许经营协议签订之前，特许人依据信息披露原则，应将其经营状况的有关信息披露给受许人，作为其是否加盟特许经营体系的考虑因素。这时双方虽尚未签订正式的特许协议，但受许人仍然应承担由于“先合同义务”而产生的维护特许人商业秘密的义务。如果受许人擅自利用或向第三人披露这些信息，其行为同样构成对特许人商业秘密权的侵犯。

2.反不正当竞争法的保护

对特许经营中特许人商业秘密的侵犯，破坏了公平竞争的市场秩序，当然为《反不正当竞争法》所禁止。各国几乎都在各自的反不正当竞争法中对盗取商业秘密行为的处罚进行了规定。如我国《反不正当竞争法》就具体规定了商业秘密的定义、构成，并具体列举了几种构成侵犯商业秘密的行为以及构成侵权的人必须承担的行政、民事及刑事法律责任。但是在美国，对商业秘密的保护仍然由各州的普通法加以规范，联邦反不正当竞争法的范畴并不包括“盗窃他人商业价值”;同时《反不正当竞争法重述》规定竞争者就无形的商业价值不享有排他性的权利，但依据联邦法、州法、国际公约可以起诉盗用，或者因为违法合同、侵犯普通法版权法而可以起诉的盗用除外。因此，特许人要想通过反不正当竞争法保护其商业秘密权不受侵犯，还必须详细了解当地国反不正当竞争法的具体规定，采取相应的措施加以应对。

3.商业秘密保护的新途径——版权法保护

传统上对于商业秘密的保护都是归反不正当竞争法管辖。随着商业秘密形式的多样性，传统的保护方式已经越来越难以对商业秘密进行全方位有效保护。考虑到特许经营中的经营手册里往往包含有大量的商业秘密或专有技术，因此在特许经营中，考虑以版权保护的方式对商业秘密进行保护不失为一种可行的选择。版权与商业秘密权的竞合可以为商业秘密构筑双重保护。版权从促进科学技术进步，维护版权人合法权益的角度，对商业秘密进行保护;商业秘密权从维护公平竞争环境，保护商业秘密权人合法权益的角度对商业秘密进行保护。因此在特许经营中，特许人可以考虑将特许经营有关的商业秘密汇编成册，形成保密文件。这一方面有利于对其进行统一的制作、发放、保管、借阅及回收销毁工作，从而比较容易地限制商业秘密的知悉范围与程度;另一方面，汇编成册的商业秘密可以构成版权法上的作品，从而享有版权法的保护。

4.商业秘密法的保护

基于商业秘密的“财产权理论”或“义务理论”，为了维护商业活动中的道德准则和鼓励发明，部分国家还专门制定了《商业秘密法》对权利人的商业秘密加以专门保护。如美国的《统一商业秘密法》就详细地规定了商业秘密的构成、合理的保护措施及救济措施。不过《统一商业秘密法》也规定了在一定情况下商业秘密所有人不享有商业秘密法上的保护：(1)所有人的商业秘密被其出售的含有商业秘密的产品所披露，并且该商业秘密从其产品上是易于被发现的;(2)商业秘密被商业秘密所有人以外的人公开披露，如果该人是独立开发或发现该商业秘密的。因此特许人应当要求受许人根据当地国的商业秘密法，谨慎地进行其商业经营行为，防止其商业秘密被合法公开。