特许经营企业的利润管理主要包括利润核算、所得税缴纳和净利润分配3各方面。

(1)利润核算。在特许经营中，总部是决策管理中心，门店是创造利润的直接经营实体，所以加强加盟门店利润核算是确保特许经营企业经济效益的基础。特许经营企业对门店利润考核的主要指标是门店贡献额。所谓门店贡献额，是指门店主营业务收入扣除成本和本店发生的费用额后的余额，这是门店对总部的贡献。因为门店净利润指标受到总部管理费用变动的影响，而总部管理费用是门店无法控制的项目，甚至会因为总店管理费用的浪费而抹杀门店的经营业绩，所以通过对门店贡献额的分析考核可较合理地评价各门店的经营业绩。

(2)所得税缴纳。根据国家税收的有关规定，内资特许经营企业跨区域设立的直营门店，凡在总部领导下统一经营、与总部微机联网，由总部实行统一采购配送、统一核算、统一规范化管理，并不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿的，由总部向其所在地主管税务机关统一缴纳企业所得税。

(3)净利润分配。特许经营企业利润总额减去所得税后的余额即为净利润，净利润的分配按照财务计划和合约进行分配或提留。