特许人和被特许人之间因特许经营活动产生的纠纷，最普遍的便是有关特许分经营合同的合同纠纷。特许经营合同是特许经营的核心，是链接特许人和被特许人之间的纽带。双方因合同产生的纠纷，主要因于：

1)合同性质的认定不同

关于合同性质的纠纷，一般而言合同的名称能基本反映合同的法律性质和合同双方之间的法律关系，但是在实践中合同名称五花八门，如加盟合同、连锁经营合同、品牌专营合同、项目合作协议、专柜经营协议、技术培训合同、特约经销协议等等，仅从合同名称很难准确判断合同的性质及当事人的法律关系。合同性质及法律关系确定不清楚，双方的权利义务以及法律适用便产生不同。

再者，合同名称虽为“特许经营合同”，但是其权利义务内容在本质上不符合特许经营合同的性质。还有的情况是，不少合同约定的权利义务既有特许经营合同性质的内容，又同时涉及如买卖合同、合作经营合同、商标许可使用合同等方面的内容，存在法律关系上的交叉、混合，容易引起混淆。

另外，在合同履行过程中，双方当事人合同约定的内容与实际履行的情况不一致，此种情形可能属于双方以实际履行的事实达成了新的一致的意思表示即变更了原约定内容，也可能属于一方或双方违反了合同约定，如认定为前者，则涉及合同性质的变更问题。

面对以上种种合同性质认定的纠纷时，应当以合同约定的权利义务是否符合特许经营合同的法律特征为基本标准，既不能简单机械地以合同名称确定合同性质，更要注意区分特许经营合同和某些与特许经营似是而非合同之间的差别。

2)合同效力问题

在特许人和被特许人产生纠纷诉至法院后，双方最惯常的争议焦点主要集中在特许经营合同的效力问题上，主要是因为《条例》对特许人的经营资质、特许经营合同的内容等均有严格的规定，而特许经营合同纠纷存在特许人不具备开展特许经营的资质、合同内容不规范等特点，故合同的效力通常成为当事人的争议焦点。

以下四个方面是火力集中点：一是特许人没有达到“两店一年”的要求;二是特许人没有履行备案义务;三是特许人的经营资源存在瑕疵，如特许人许可给被特许人使用的商标系未注册商标、特许人对涉案商标无处分权、商标权属存在争议等;四是特许人未履行信息披露义务或者提供虚假信息。前三种情形往往产生合同是否无效的争议，第四种情形则产生是否构成欺诈而撤销合同的争议。

司法实践中，目前法院审理的倾向性认为：无效是对法律行为最为严厉的否定性评价，合同无效是对当事人意思自治的彻底否定，体现了国家意志对私法领域的干预。因此，在认定合同效力时，应当依据尊重当事人意思自治、维护交易稳定的原则，严格把握合同无效的法律适用。既要严格遵循国家的立法意志，严惩损害公共利益的不法行为，也要维护诚实信用，防止不恰当地扩大无效合同的范围，干扰正常的市场交易，损害交易主体的合理预期和交易安全，并防止一些当事人以“违反国家强制性规定”为由恶意背信弃义的行为，以保护诚信的市场交易主体的合法权利。

3)合同解除、撤销以及违约责任

在特许经营合同纠纷中，面对合同需要被确认解除或者撤销时，被特许人通常主张特许人应当承担全部责任，理由主要是特许人不具备相应资质、有欺诈行为、未履行支持指导义务等，过错均在特许人。特许人则通常认为由于被特许人经营不善而导致合同终止，应由被特许人自行承担责任。

而合同一旦被认定解除或者撤销时，合同无效或者撤销、解除后相关费用、损失的如何处理的问题又是双方的争议焦点。如特许人向被特许人收取的费用，如加盟费、业务培训费、装修设计费、押金、保证金、权利金、广告费等等，是否需要返还;因特许人要求被特许人向其指定供应商购买设备，或通过指定装修公司进行装修等产生的损失，在合同无效或者撤销、解除时，是否需要特许人来赔偿等。

要依据《合同法》第五十八条以及第九十七条的规定，结合特许经营合同的的具体情况综合分析财产的实际可返还性。如特许经营涉及知识产权的许可使用，由于知识产权的无形性，被特许人在客观上难以返还已经实际使用的知识产权，故若被特许人已实际使用了特许人的知识产权并从中获益，特许经营合同被确认无效或者被撤销的，在理论上，特许人可以基于不当得利要求被特许人返还其所获得的利益。但由于被特许人使用特许人的知识产权是以支付加盟费等相关费用为对价的，加盟费等相关费用在实质上已经包含了知识产权许可使用费在内，故在实务操作中，特许人有权要求被特许人返还的使用知识产权所获的利益可以与加盟费等相关费用进行相应的抵扣。

合同解除的法律后果是合同关系消灭，合同约定的权利义务终止，尚未履行的，终止履行;已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以要求恢复原状、采取其他补救措施，并有权要求赔偿损失。司法实践中倾向于认为特许经营合同系持续性合同，在持续履行过程中产生的互相给付均具有合同约定的对价，且履行的标的涉及被特许人对知识产权的使用、特许人向被特许人提供的支持、指导、培训等，对上述履行标的的恢复原状不具有操作性，故已经履行完毕的内容没有必要恢复原状，即合同的解除不具有溯及力，合同的解除只向将来发生效力，解除前发生的给付具有保持力，但尚未履行的义务不再履行。因此，特许经营合同解除后，特许人无需退还被特许人为获得特许经营权而向特许人支付的一次性费用。

合同无效、撤销后，当事人之间的合同关系不复存在，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失;双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。上述赔偿责任是过错责任，即按照过错大小承担赔偿责任。损失赔偿的范围应当仅限于信赖利益，而不应包括合同履行后可以获得的预期利益或者因债务不履行而造成的可得利益损失。